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Institut de recherche... (Entité)
INRA
Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)
IRHS
Laboratoire Public (Université ou Organisme de recherche)
Rue de la Géraudière
BP 71627
44316 NANTES CEDEX 3
Loire-Atlantique
0
02 40 67 50 00
RENOU Jean-Pierre
http://
23. Mars 2012
Liste des Compétences [13]
Vis  Titre compétence  Entités  Savoir faire  Applications  Maj  Action Langue
oui Valorisation de la Diversité des Pomoïdés (VADIPOM) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe VADIPOM réalise deux missions principales :

  • La gestion et l’étude de la diversité génétique pour la pomme et la poire. Elle s’appuie sur une collection de près de 1500 pommiers et 1000 poiriers.

Ce travail s’inscrit dans une mission de gestion d’un réseau d’origine française en lien avec des conservatoires et des associations. Cela se caractérise aussi par la gestion d’une base de données des variétés et de leurs caractéristiques qui inclut les marqueurs moléculaires pour caractériser génétiquement les espèces.

  • La création de nouvelles variétés de pommes et de poires. Cette mission vise à avoir une base de géniteurs de grande taille. Les créations variétales s'inscrivent également dans un objectif de commercialisation qui a ses propres objectifs :
    • avoir des variétés qui produisent avec un bon rendement
    • produire des fruits de qualité (gout, conservation, …)
    • produire des fruits résistants au parasite

L'équipe s'appuie sur trois savoir-faire principaux :

Savoir-faire n°1 : Gérer et évaluer la diversité d’espèce pour les pommes par un travail de recensement et caractérisation de l’arbre et son fruit (la régularité de floraison, la ramification, la couleur, la conservation, … de manière phénotypiques (ce qui se voit) et génétiques.

Savoir-faire n°2 : Créer et chercher de nouvelles espèces variétales (applicable à l'ensemble des fruits et pas seulement la pomme et la poire)

Savoir-faire n°3 : Conseiller et former sur la méthodologie de la création variétale.

Les travaux de l'équipe s'appliquent actuellement :

  • pour la pomme à couteau
  • pour la pomme à cidre
  • pour la poire.

D'une manière générale, les techniques de création variétale (sélectionneur) peuvent s'appliquer à l'ensemble des fruits.

AGRICULTURE ET RESSOURCES MARINES

Production végétale

Horticulture

3. Sept 2014
fre-FR
oui Biologie Intégrative de l’Architecture et Environnement (Arch-E) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe Arch-E travaille sur l'architecture de la plante. L'analyse architecturale d'une plante est une analyse multiéchelle de la plante, allant de l'impact des gènes (physiologie moléculaire, génétique) jusqu'aux effets de l'environnement (écophysiologie). Elle consiste à décomposer la plante en objets élémentaires (axe, unité de croissance, métamère) et à déterminer les relations de connexion entre eux (succession et ramification).

Les objectifs visés sont les suivants :

  • Amélioration de la qualité sanitaire, et de la qualité ornementale/visuelle de la plante
  • Évaluation objective la qualité visuelle d’une plante (hauteur, compacité, …). Cette évaluation est réalisée dans le cadre d'une méthodologie éprouvée et se base sur l'intervention d'un jury.

L'objectif est d'obtenir une grande diversité de la plante ornementale
Évaluation de l'impact des nutriments sur la ramification de la plante

L'équipe travaille spécifiquement sur le modèle du rosier. Mais ces travaux peuvent s'appliquer à l'ensemble des plantes ornementales.

3. Sept 2014
fre-FR
oui Conservation et tolérance à la dessication des semences (Conserto) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L’objectif de l'équipe Conserto est de comprendre les mécanismes et voies de régulation impliquées dans la survie à l’état sec des graines, à savoir la tolérance à la dessiccation (déshydratation naturelle des graines) et la longévité (l’aptitude à la conservation).

L'équipe se positionne sur 3 thèmes de recherche :

  • Stockage des graines
  • Durabilité de la qualité des graines
  • Survavibilité des graines.

L'objectif est de comprendre ces mécanismes car il faut que les graines permettent d’obtenir un résultat parfait (1kg de graines de tomates coûte plus cher qu’un kilo d’or).

L'équipe aborde à la fois un côté fondamental dans sa recherche :

  • qualité germinative (conservation : survie à l’état sec) ;
  • qualité physiologique de la graine ;
  • levée homogène en condition optimale et en condition pénalisante (chaleur / sécheresse / fluctuation).

et un côté appliqué en permettant de construire de tests, des marqueurs pour évaluer ou prédire la qualité d’un lot de graines (Etats de maturité des graines lors de la récolte ; Dormance : graine qui reste non germée après récolte)

L'équipe s'appuie sur plusieurs savoir-faire pour mener à bien ses recherches :

  • Une technique d'approche de la problématique multi-échelle, de l'échelle bio moléculaire jusqu’à l’échelle de la plante. Une bonne connaissance de la physiologie de la semence est déterminante car les problèmes sont souvent au niveau physiologique et pas seulement moléculaire.

Trouver des gènes clés est important.

  • La construction de modèles de réseaux de régulation (cluster de gènes pour mettre en avant les qualités graines).
  • L'étude des combinaisons de gènes. Exemple : Co expression génique : utile pour faire des diagnostics.
  • L'étude de la diversité génétique pour comprendre les habitudes à la conversation.
  • Analyse comparative entre espèces pour identifier la tolérance à la dessiccation de certaines espèces. Ce travail se fait en lien avec des banques de stockage internationales pour la préservation de la biodiversité.
  • Application des techniques de compréhension biophysique (exemple : comprendre la viscosité d’une graine sans eau). Colométrie à balayage électronique (paramètres de stabilité).

L'équipe travaille sur des légumineuses (pois ; tomates ; florales ; carottes). Des travaux sur des espèces spécifiques peuvent être menés en fonction des contrats de recherche.

3. Sept 2014
fre-FR
oui Installations expérimentales mutualisées (INEM) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L’équipe INEM est une équipe technique en charge de la gestion et du fonctionnement des installations expérimentales de l’IRHS, principalement des serres permettant la manipulation d’organismes de quarantaine, de plantes génétiquement modifiées et de micro-organismes génétiquement modifiés.

L’équipe INEM développe et dispose de compétences dans 2 domaines principaux :

  • l’horticulture
  • la maintenance des installations expérimentales.

L'équipe s'appuie sur trois savoir-faire principaux :

Savoir-faire n°1 : Créer des dispositifs expérimentaux pour la recherche sur le végétal et les bioagresseurs.

Savoir-faire n°2 : Produire tout type de végétaux à des fins d’expérimentation.

Savoir-faire n°3 : Gérer un ensemble de différentes expérimentations avec des contraintes et exigences spécifiques.

L'équipe cultive un grand nombre de plantes : fruitiers, plantes potagères, ornementales, grandes cultures, plantes modèles et sauvages.

AGRICULTURE
Production végétale
Horticulture

3. Sept 2014
fre-FR
oui Ecologie évolutive chez les champignons (EcoFun) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe EcoFun développe des études sur la dynamique adaptative du champignon à différents échelles : de l’identification de gènes sous sélection à la définition de stratégies de diversification génétique et spatiale du paysage dans le contexte d’une gestion durable des résistances.

Etude sur le terrain (avec des vergers basés à Beaucouzé et à Champigny – La Rétuzière). Test en grande nature des méthodes de lutte (surtout sur des stratégies de lutte contre la tavelure à base intrants – fongicide). Exemple : variété resistante ou partiellement résistante.

Mesure prophylactique : condition défavorable à l’installation du champignon

L'équipe s'appuie sur plusieurs savoir-faire :

Savoir-faire n°1 : Chercher à comprendre le processus de mutation du pathogène principal (rosacé au sens large) chez le pommier.

Savoir-faire n°2 : Créer / Construire des modèles physique de diffusion (mécanistique)

Savoir-faire n°3 : Conseiller quel paysage adopter (spatial et génétique) pour ralentir le processus d’invasion du champignon. Des modèles sont aussi construit pour les grandes cultures.

Savoir-faire n°4 : Analyser des séquences de génome pour l’agent de la tavelure dans le contexte de l’évolution de la génétique adaptative des pathogènes. L'équipe peut étudier l'impact de la domestication du pommier sur ce pathogène en se basant sur les différences entre les pommiers d’Asie et les pommiers en Europe en comparant au sein des génomes lesquels ont subi le processus de sélection.

Savoir-faire n°5 : Mettre en oeuvre des études sur le terrain avec des tests grandeur nature des méthodes de lutte.

Savoir faire n°6 : Réaliser des mesures prophylactiques (définir les conditions défavorable à l'installation du champignon).

Travaux qui permettent de développer des variétés de pommiers résistantes.

3. Sept 2014
fre-FR
oui Pathologies fongiques des semences (FungiSem) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe FungiSem mène des recherche sur la transmission des pathogènes fongiques aux semences dans son aspect sanitaire.

L'équipe s'appuie sur trois savoir-faire principaux :

Savoir-faire n°1 : Chercher comment le champignon Alternaria se défend vis-à-vis de la plante (analyses au niveau moléculaire).

Savoir-faire n°2 : Développer de nouvelles méthodes de lutte contre le champignon (accentuation des défenses naturelles de la plante vis-à-vis de ce champignon).

Savoir-faire n°3 : Comprendre comment le champignon colonise la semence.

BIOLOGIE
Expériences in vitro
Biologie cellulaire et moléculaire
Recherche sur le génome
Bio informatique
Microbiologie
Bio informatique
Expression des Gènes, Protéomique
Expériences sur plantes

AGRICULTURE
Production végétale
Horticulture
Pesticides

7. Juil 2014
fre-FR
oui Déterminisme Génétique et Diversité des plantes Ornementales (GDO) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe GDO a pour objectif de comprendre, gérer et exploiter la diversité génétique des plantes ornementales. Les principales études sont réalisées sur le genre Rosa avec transfert vers d’autres plantes ornementales dans le cadre de projets collaboratifs.

L'équipe s'appuie sur trois savoir faire principaux :

Savoir-faire n°1 : Évaluer la diversité, comprendre son évolution, optimiser sa gestion, sa conservation et son utilisation (en particulier l’architecture, les maladies foliaires, et la floraison)

Savoir-faire n°2 : Créer des concepts et des outils pour accélérer/améliorer/optimiser le processus de création variétale en prenant en compte l'acceptation sociétale

Savoir-faire n°3 : Comprendre les bases génétiques des caractères ornementaux. Un intérêt est porté plus particulièrement sur les régions impliquées dans le contrôle de la floraison et de l’architecture.

Les travaux de recherche de l'équipe GDO sont applicables pour l'ensemble des plantes ornementales.

3. Sept 2014
fre-FR
oui Mitochondries & Stress (MitoStress) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L’équipe MitoStress s’intéresse aux propriétés des mitochondries qui contribuent à l’adaptation des plantes aux conditions extrêmes (déshydratation, température, …). Les modèles principaux sont des graines, qui en tant qu’organismes anhydrobiotes, possèdent une extraordinaire tolérance aux stress abiotiques. L'équipe développe des approches de physiologie, de biochimie, de génétique et de génomique fonctionnelle pour étudier le fonctionnement mitochondrial, le rôle des protéines LEA et HSP, et les relations entre la respiration et la qualité physiologique des semences.

L'équipe s'appuie sur trois savoir faire principaux :

Savoir faire n°1 : Chercher
Précision : Physiologie des végétaux et adaptation au stress.

Savoir faire n°2 : Chercher
Précision : Biochimie structurale et fonctionnelle des protéines

Savoir faire n°3 : Chercher
Précision : localisation subcellulaire et tissulaire des protéines chez les végétaux

Biochimie / Biophysique
Biologie cellulaire et moléculaire
Expériences in vitro
Bio informatique
Expression des Gènes, Protéomique
Production végétale

7. Juil 2014
fre-FR
oui Bases génétiques et écophysiologiques de la qualité des Fruits (FruitQual) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe FruitQual axe sa recherche sur quatre cœurs d’activités :

  • Phénotypage : Améliorer les méthodes de caractérisation de la qualité. Travailler sur des méthodes instrumentales ou sensorielles.
  • Génétique quantitative : rechercher à localiser sur le génome du pommier les zones qui correspondent à la texture (fermeté, jutosité, croquant…)
  • Transcriptomique : identifier les gènes impliqués dans une fonction particulière.
  • Approche écophysiologique : prendre en compte l’effet de l’environnement (climat et microclimat. Par ex : effet de la feuille d’une branche sur la qualité du fruit). Faire de la modélisation pour essayer de simuler comment le fruit grossit.

L'équipe s'appuie sur un savoir faire : capacité à relier la génétique et la qualité du fruit, essentiellement la pomme

Les recherches de l'équipe FruitQual sont susceptibles de se retrouver dans les domaines d'application suivants :

Bio informatique
Expression des Gènes, Protéomique
Biologie cellulaire et moléculaire
Technologies sensorielles relatives aux mesures
Autres types de contrôle non destructif
génétique
création variétale
Recherche en génétique
Amélioration des plantes

7. Juil 2014
fre-FR
oui Qualité et résistance aux bioagresseurs des espèces légumières (QuaRVeg) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

Les travaux de recherche de l’équipe portent sur la gestion et l’utilisation de la diversité génétique des carottes sauvages et cultivées.

Ces travaux visent la connaissance et le déterminisme de caractères génétiques d’intérêt en combinant plusieurs approches complémentaires :

  • analyse de la diversité,
  • analyse de l’expression de gènes candidats
  • architecture des facteurs génétiques impliqués.

Ce programme allie des approches biochimiques poussées (phénotypage fin, fonctionnement de voies de biosynthèse), des études de l’impact environnemental sur l’expression des caractères (évaluation dans différentes conditions) et des études des déterminants génétiques suivants deux démarches :

  • génétique d’association sur gènes candidats

L'équipe s'appuie sur trois savoir faire principaux :

Savoir faire n°1 : Mise au point d’outils et de procédures de caractérisations moléculaire, phénotypique et biochimique de caractères d’intérêt (teneur en caroténoïdes, résistance à Alternaria dauci)
Précision : marquage moléculaire, méthodes de phénotypage, dosages HPLC,…

Savoir faire n°2 : Gestion de ressources génétiques de carotte et autres Daucus
Précision : maintien de la collection nationale Carotte et autres Daucus (banque de semences)

Savoir faire n°3 : expertise et conseil en cultures légumières et semences

Les domaines d'application des travaux de l'équipe sont :

  • Horticulture
  • Biochimie
  • Biologie moléculaire
  • Génétique

L'équipe réalise des prestations :

  • Caractérisation, essais, tests, contrôles, formulation : Appui à la sélection et création variétale ; Production de semences dans le cadre de sélection ou de R&D ; Caractérisation biochimique selon les composés ; Essais caractérisation et évaluation d’espèces légumières

Études génétiques

  • Conseil, expertise, formation : Appui au développement de programmes de sélection et d’amélioration d’espèces potagères ; Formation au phénotypage de la résistance ; Gestion des ressources génétiques ; Qualité des légumes ; Démarches de certification produits
  • Recherche et Développement : Appui à la sélection et création variétale ; Valorisation de variétés anciennes ; Gestion de la diversité génétique ; Déterminisme génétique de caractères d’intérêts ; Montage de projets collaboratifs
7. Juil 2014
fre-FR
oui Emergence, systématique et écologie des bactéries phytopathogènes (EmerSys) Institut de recherche en horticulture et semences (UMR)

L'équipe s'est fixée comme ambition d'améliorer les connaissances sur les bactéries phytopathogènes associées aux parties aériennes des plantes en travaillant sur plusieurs thématiques complémentaires centrées autour de l'écologie de ces bactéries.

Les recherches développées par les membres de l’équipe mettent principalement en jeu des bactéries appartenant au genre Xanthomonas. Ce genre de bactérie touche un large panel d'espèce végétales dont les tomates, le riz ou encore le poivre.

Les recherches de l'équipe sont articulées autour de trois axes :

- étudier les causes et raisons de la transmission des bactéries de la plante vers les semences

- repertorier les gènes candidats pour expliquer la spécificité d’hôte des bactéries phytopathogènes, c'est à dire expliquer par l'étude des gènes de la bactérie, les raisons qui font que celle-ci contamine certaines plantes, certaines semences et pas d'autres. La taxonomie (regroupement en famille de bactéries) et la phylogénie (étude de liens de parentés entre les bactéries) des bactéries phytopathogènes sont centrales dans ces recherche, afin de comprendre l’histoire évolutive des bactéries et expliquer la structure des populations. Cet axe est en lien étroit avec la Collection Française des Bactéries Phytopathogènes (CFBP)

- Expliquer l'adaptation des bactéries à leurs hôtesn, en essayant de comprendre pourquoi la bactérie se fixe sur certaines plantes ou semences dans une approche d'étude de cycle. Au délà des gènes, la transmission de la bactérie passe plusieurs étapes avant de contaminer la plante. La compréhension fine de ses étapes est l'objet des études de l'équipe. Pour développer ces recherche, l'équipe développe un savoir-faire spécifique en écologie moléculaire des populations bactériennes associées aux plantes (la place et le rôle des micro-organismes dans un écosystème ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux et avec leur milieu).

Les applications des recheches menées au sein d'EmerSys relèvent essentiellement du domaine végétal

L'un des enjeux économiques forts est de permettre la mise au point de tests précis pour l'identification de pathogène. La réglementation en matière de semences étant stricte, il est nécessaire de pouvoir identifier un pathogène (ou de certifier qu'il n'est pas présent) pour permettre une circulation sécuriser des semences sur le marché.

Par ailleurs, l'équipe possède des compétences transversales en métagénomique, statistique et stockage de données

Le traitement des données avec la bio-informatique représente également un potentiel de développement très important dans le domaine.

3. Juil 2014
fre-FR